人体内大肠菌群可以产生一定量的氢气，这说明氢气属于内源性气体，这个证据虽然不能证明氢气绝对安全，但氢气在人体内存在，往往就证明它可能有生理意义，这也是氢气具有安全性的一个重要证据。
氢气是主要的肠道气体成分
关于大肠气体产量和成分的研究已经有很长的历史，根据文献报道，最早尝试采集并检测大肠气体的研究追溯到1868年，德国学者、大肠气体学创始人通过玻璃采集大肠气体。1942年，通过收集健康人24小时排气并进行测定，结果发现24小时平均产气量为380–655毫升/人。
后来证明。食物中纤维素可以增加产气量。分析肠道成分发现7.4%为甲烷，19.8%为氢气，首次证明身体内的氢气和甲烷来自大肠菌群。所有健康人的大肠内都可以产生氢气，产生氢气的量几乎全部依赖于细菌对食物来源成分的发酵。
美国国家航空航天局在进行阿波罗计划时，对大肠气体的成分进行过比较详细的研究。研究人员经过仔细分析发现，人体大肠气体的成分进行过比较详细的研究。研究人员经过仔细分析发现，人体大肠气体成分多达400种。其中主要的成分是氮气、硫化氢、吲哚、粪臭素、挥发性胺、挥发性脂肪酸等恶臭气体。
比较常用地分析大肠菌群产氢量的方法是呼出气体氢气含量测定，这是一种疾病诊断方法，肠道内氢气含量与菌群的种类分布存在密切关系，呼出氢含量可以反映肠道菌群功能。根据呼出气体的氢气含量可以诊断乳糖不耐受、小肠菌群移位等影响现代人健康的重要疾病。
根据氢气含量分析肠道菌群的研究目前越来越受到重视。呼出气体氢气浓度分析结果表明，一般健康人呼出气体中氢气含量不超过10ppm，相当于占总气体质量的百分之十。按照氢气溶解度换算，血液中的氢气浓度大约是0.01ppm。这一数据表明，肠道内细菌代谢产生的氢气主要被肠道菌群代谢消耗。最近研究提示，人体代谢也能消耗氢气。
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